Los establecimientos educacionales que ingresan al Programa, lo hacen formalmente a través de la firma de un convenio que rige desde la total tramitación del acto administrativo que lo apruebe y por un plazo definido, que en la mayor parte de los convenios es de diez años, dentro de ese periodo debe ser ejecutado el proyecto que postuló y adjudicó en la correspondiente convocatoria, que tiene un plazo original de 36 meses, contados desde la total tramitación del convenio, sin embargo, los sostenedores pueden solicitar una extensión de plazo al Ministerio para modificar el término del periodo de ejecución.
El convenio compromete un Plan de Fortalecimiento Educativo que se plasma en el Informe de programación y actividades, el cual es enviado a los equipos regionales directamente por el sostenedor, con previa revisión y retroalimentación de la Coordinación Nacional de Liceos Bicentenario de Excelencia. Además, el convenio considera un plan de mejoramiento de infraestructura y/o adquisición de equipamiento y/o mobiliario para el Liceo Bicentenario de Excelencia. Los sostenedores en el área de infraestructura que requieran efectuar un cambio en su proyecto, deberán solicitar evaluar los antecedentes al Departamento de Planificación Regional, que podrá o no recomendar el cambio solicitado según las características y correcta justificación. La Coordinación Nacional de Liceos Bicentenario evaluará las solicitudes visadas y comunicará mediante oficio su aceptación o rechazo.
Seguimiento de la Ejecución del Proyecto: El Ministerio de Educación realizará un acompañamiento en la ejecución de los proyectos, a través de la División de Educación General de la Subsecretaría de Educación, de las Secretarías Ministeriales de Educación y/o de los Departamentos Provinciales de Educación. A su vez, cada sostenedor, deberá contar con un equipo responsable de monitorear la implementación del “Proyecto”, cuya organización deberá ser apropiada para asegurar su éxito. Los equipos regionales de las SECREDUC son los responsables de mantener un monitoreo del avance de los proyectos. Se realizarán reuniones periódicas con el objetivo de brindar información y apoyo a los equipos, y solucionar problemas particulares de cada establecimiento.