El programa Liceos Bicentenario depende de la División de Educación General quien se encarga de coordinar y hacer cumplir las funciones y objetivos del programa. Desde ahí la Coordinación Nacional de Liceos Bicentenario articula las acciones y lineamientos del programa a través del apoyo pedagógico, gestión de convenios y trabajo en red. Estos 3 elementos son trabajados en los territorios por las Secretarías Regionales Ministeriales y/o Departamentos Provinciales.