A través de la Resolución Exenta N°2228 del 30 de abril de 2020 se establece que la dependencia del Programa Liceos Bicentenario de Excelencia le corresponde a la División de Educación General, que tendrá la responsabilidad de dirigir, coordinar y hacer cumplir las funciones y objetivos del Programa.
Se establece una Coordinación Nacional y un equipo de profesionales que apoyan los dos ámbitos predefinidos: Gestión pedagógica de convenios y Gestión administrativa y presupuestaria de convenios.
Además, todas las regiones cuentan con un coordinador para los asuntos de fortalecimiento educativo de LBE y un encargado para la gestión de convenios, que dependen de los departamentos de educación y de planificación de la Secretaría Regional Ministerial, según corresponda a la materia de sus funciones. En algunas regiones existen encargados provinciales que apoyan la gestión desde el respectivo Departamento Provincial de Educación.
El esfuerzo de instalación de un sistema desconcentrado permite contar con apoyos situados en la institucionalidad ministerial facilitando la articulación con y entre los liceos. Así, el programa implementa su estrategia en algunas materias de forma centralizada y en otras de forma descentralizada.
En términos generales, las actividades que se centralizan son:
Por su parte, las acciones descentralizadas refieren a:
